En el Japón feudal, Kubo, de 12 años de edad, con parche en el ojo, atiende a su madre enferma, Sariatu (que tiene una cicatriz sobre el ojo izquierdo como resultado de un accidente de navegación al comienzo de la película) en una cueva de montaña cerca de un pequeño pueblo. Se gana la vida manipulando mágicamente el origami con música de su shamisen para la gente del pueblo, contando la historia de su difunto padre Hanzo, un guerrero samurái. Kubo nunca puede terminar su historia, ya que no sabe cómo murió Hanzo y su madre no puede recordar el final debido al deterioro de su estado mental. Sariatu le advierte que no se quede afuera después del anochecer, ya que sus hermanas, Karasu y Washi, y su abuelo, el Rey Luna (que tomó el ojo de Kubo cuando era un bebé) lo encontrarán y tomarán el ojo restante.