Después de la Separación en Japón en 1974, la isla del norte, Hokkaidō (o Ezo, como se la llama en el anime), fue ocupada por la "Unión" (refiriéndose a la Unión Soviética). También en ese mismo año, la Unión comenzó la construcción de una extraña torre en Hokkaido diseñada por un científico llamado Ekusun Tsukinoe. El anime sigue la historia de tres amigos que viven en la prefectura de Aomori, en el norte de Japón: dos niños, Hiroki Fujisawa y Takuya Shirakawa, ambos niños prodigios; y una niña, Sayuri Sawatari. En 1996, los tres están en noveno grado, su último año de secundaria, y están fascinados por la Torre de Hokkaido que se ve al otro lado del estrecho de Tsugaru al norte. Sayuri se hace amiga cercana de los dos chicos.