Comet Lucifer se desarrolla en el planeta Gift, donde se excava para conseguir unos cristales preciosos llamados Giftjium. El protagonista es Sogo, que vive en un próspero pueblo minero conocido como Garden Indigo y al que le encantan los cristales raros. Un día se ve atrapado en una disputa entre sus compañeros de clase y, sin saber cómo, acaba perdiéndose en las profundidades de una mina abandonada. Allí, en un lago subterráneo, se encuentra a una chica de pelo azul y ojos rojos llamada Felia, lo que dará comienzo a su aventura.