Para evitar la destrucción de la Tierra amenzada por un asteroide, la ISDA (International Solarsystem Development Agency) trabaja en el “proyecto D”, y crea al “Dragonaut” después de encontrar un huevo de dragón bajo del océano. Sin embargo, descubren que los asteroides no son su única amenza, sino unas criaturas poderosas como un dragón que aparecen en la Tierra. Después de ser testigo de un asesinato hecho por unas de las criaturas, Jin Kamishina se involucra en los misterios de los dragones y se convierte en el piloto elegido del Dragonaut. Ayudándolo en su viaje está Toa, una chica misteriosa que lo salva de la muerte al caer de un edificio después de ser atacado por la criatura. Cuanto más profundo se vayan adentrando en el misterio de los dragones, se encontrarán con nuevos amigos y enemigos, y también comenzarán a desarrollar una relación más cercana.