Sur les ordres de Maître Tsunade, Naruto et l'équipe 7 sont envoyés à la poursuite de Mukade, un ninja renégat du village de Suna. Cette chasse à l'homme se termine dans les ruines de Rôran, la Cité aux Mille Tours. C'est alors que Naruto est aspiré par un rayon projeté par la Veine du Dragon et se retrouve transporté dans l'espace-temps. Lorsqu'il reprend connaissance, il se retrouve nez à nez avec Sâra, la souveraine de Rôran. Alors qu'il fait le tour de la Cité, il tombe sur Minato ! Ensemble, ils vont tenter de déjouer un complot des plus terribles !