L’histoire nous fait suivre Sakura Sakurakoji, lycéenne experte en arts martiaux et un mystérieux étudiant fraîchement transféré du nom de Rei Ogami. Rei est membre de l’Eden, une organisation gouvernementale agissant dans l’ombre, dont le but apparent est de faire respecter l’ordre. Il utilise son pouvoir pour éliminer tous ceux qui échappent à la Justice.