Dans une galaxie lointaine, l'Alliance galactique est en guerre contre une race d'extraterrestres. Au cours d'une terrible bataille, le jeune soldat Ledo est aspiré dans une distorsion de l'espace-temps. A son réveil, six mois plus tard, il découvre une étrange planète inondée par la mer et dont l'air est respirable. C'est le berceau de l'humanité, la Terre, dont l'Alliance galactique avait perdu la trace depuis des siècles.