Alors qu'il revient d'un périple à travers le temps et l'espace, Sonic constate avec effroi que l'infâme Dr Eggman (alias Robotnik) complote toujours pour causer sa perte et s'emparer des Emeraudes du Chaos ! Le hérisson bleu se met immédiatement à la poursuite de son ennemi juré, et sera aidé dans sa lutte par Tails et Knuckles mais également par le duo formé par Mighty et Ray. Néanmoins, Eggman dispose lui aussi d'un allié et pas des moindres : le terrifiant robot Metal Sonic !