L'histoire se déroule à Kōbe. Juna, une lycéenne comme les autres, et son ami Tokio décident d'aller voir la mer du Japon. Au cours du trajet en moto, Juna est tuée dans un terrible accident. Alors qu'elle s'élève vers l'au-delà, elle a une vision de la Terre dévorée par d'énormes vers rouges. Soudain, elle est recueillie par Chris, un étrange garçon télépathe qui lui explique que ces monstres sont des Rajaa, les maux de la Terre, et que sa vision se réalisera si personne n'y prend garde. Il lui propose alors un marché : la ressusciter à condition qu'elle devienne l'avatar du temps, une entité vivante qui ne fait qu'une avec la Terre et capable de prévenir les attaques des Rajaa...