Le lycéen Shin Kanzato et son petit frère Jun, rencontrent leur frère aîné Ryou, qui est le chef de la police de la ville d'Ayanagi, à nouveau après dix ans. À ce moment-là, une série d'incidents étranges se produisent dans la ville d'Ayanagi comme l'équipage d'un sous-marin qui disparaît soudainement dans leur sous-marin, ou un symptôme sans esprit qui dérange le monde après dix ans, ou le cas du cadavre à l'envers où un l'élève a pris une apparence cruelle. Ryou traque l'organisation derrière la série d'incidents, et étant devenu impliqué dans les incidents, Shin réveille le «Persona».