Akihabara est un quartier de Tokyo plein de mangas, d'animes, d'électronique, de jeux vidéo, de figurines, etc. C'est un endroit qui rassemble des fanatiques de ces thèmes, des personnes communément appelées otaku. Page, Box, Akira, Taiko, Daruma et Izumu sont six otaku, chacun avec ses propres problèmes et qui ont cherché des secours via un site Web appelé «Yui’s Lifeguard». Lorsque le propriétaire du site, Yui, est mort d'une mort mystérieuse, les six - chacun est un expert dans son domaine - se sont réunis pour former «Akihabara @ DEEP», un groupe de «dépannage» qui jure de protéger Akihabara et de résoudre les problèmes de ses habitants.