Il giovane Ryota non si rassegna alla scomparsa del fratello Yata, dato per disperso dopo una tempesta. Va a cercarlo con una barca, che a causa di una tempesta fa naufragio su un'isola. Qui Ryota scopre che l'organizzazione dei Bamboo Rossi tiene in schiavitù gli abitanti di Infant Island e per tenere lontani i curiosi dall'isola, usano un mostro: Ebirah, un astice gigantesco. Ebirah in una scena del film Ryota allora raggiunge Infant Island e si ricongiunge con Yata, salvato dagli isolani. I due fratelli trovano sull'isola Godzilla in una sorta di letargo. Decidono per aiutare gli isolani, di risvegliarlo (piantandoli una sciabola nella schiena che viene colpita da un fulmine) per combattere Ebirah e i Bamboo Rossi. Dopo un primo scontro vittorioso contro Ebirah, Godzilla viene attaccato da Daikondura (Condor gigante) e dalla squadra dei Bamboo Rossi, ma Godzilla li distrugge. Godzilla distrugge la base dei Bamboo Rossi, per poi affrontare un'ultima volta Ebirah, annientandolo. Mentre l'isola esplode, Godzilla ritorna nel mare e arriva infine Mothra a salvare gli abitanti di Infant Island prigionieri.