La storia narra le vicissitudini del gruppo di ricerca del dottor Oedo (Galax), il cui obiettivo è raggiungere il decimo pianeta del sistema solare, Prometeo, allo scopo di sfruttarne le risorse naturali e garantire un futuro all'umanità. Prometeo è però anche nelle mire di Doppler, un ricco e malvagio scienziato a capo di un'organizzazione paramilitare (che ricorda per divise e gerarchia i nazisti) che ha deciso di fare del decimo pianeta la patria di una nuova razza di eletti. Doppler invia molti mostri meccanici (i mechasatan) per distruggere la base Yasdam, il quartier generale di Oedo, ed i suoi attacchi vengono respinti a fatica, finché la base Yasdam non decolla ed inizia il suo viaggio verso il decimo pianeta in gara con il Planester di Doppler. La storia ruota anche intorno al rapporto conflittuale tra il Capitano Dan, un misterioso uomo con una maschera di ferro fuggito dalla base di Doppler e rifugiatosi a Yasdam, e l'aspirante pilota del Danguard, Takuma Ichimonji (Arin), del quale lo stesso Dan diventa istruttore. In realtà il Capitano Dan è Dantetsu Ichimonji (Cosmos), il padre di Takuma creduto morto dieci anni prima nel corso della prima "missione Prometeo", da lui stesso inspiegabilmente sabotata. Vittima di un condizionamento telepatico e ridotto in uno stato di amnesia, il padre di Takuma in effetti era stato uno strumento nelle mani di Doppler, che poi lo aveva fatto prigioniero e schiavo.