La città-stato di Olympus, retta dal supercomputer Gaia, è rimasta l'unico faro di civiltà dopo la distruttiva guerra globale che ha cancellato gran parte della popolazione mondiale. Ma anche quella che sembra una nuova versione di Utopia è minata al suo interno da conflitti razziali tra gli umani e i bioroids, umanoidi geneticamente modificati creati per servire l'uomo. A tutto questo dovranno porre rimedio Deunan Knute (デュナン・ナッツ Dyunan Nattsu?) e il veterano Briareos Hecatonchires (ブリアレオス・ヘカトンケイレス Buriareosu Hekatonkeiresu?), che appartengono al corpo di forze speciali di Olympus e che dovranno scongiurare la distruzione della città e salvare l'umanità.