Honey Kisaragi è una bellissima e perfettamente normale sedicenne, fino al giorno in cui suo padre, il geniale professor Takeshi Kisaragi non viene rapito dall'organizzazione criminale Panther Claw. Tuttavia il professore lascia alla figlia un incredibile congegno in grado di trasformare Honey nella coraggiosa guerriera spadaccina dai capelli rossi Cutie Honey. Aiutata da Seiji, un investigatore privato che da tempo studia le mosse della Panther Claw e dal misterioso "Principe del Crepuscolo", Honey decide di combattere la Panther Claw allo scopo di salvare il padre.