L'anno è il 2199. La razza umana é stata schiacciata nella guerra contro i Gamilas (Gamiloniani) e costretta in città sotterranee per proteggersi dalle radiazioni. Gli scienziati stimano che sia rimasto solo un anno di tempo per salvarsi. I giovani ufficiali Susumu Kodai e Daisuke Shima riportano sulla Terra una misteriosa capsula rinvenuta su una nave che ha effettuato un atterraggio di emercenza su Marte . Essa contiene l'ultima speranza per l'umanità: il pianeta Iscandar, dall'altro lato della nube di magellano ha la tecnologia per battere i Gamilos e ripristinare la vita sul pianeta. Alla corazzata spaziale Yamato è affidato il viaggio, ma il suo equipaggio ha solo un anno di tempo prima della fine dell'umanità.