La storia inizia nell'anno 0001, proprio all'inizio della colonizzazione umana dello spazio, con l'incidente terroristico di Laplace, un evento importante che influenzerà per sempre il corso della storia umana. La storia principale si svolge nell'anno 0096, tre anni dopo gli eventi di Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack e diciassette anni dopo "la guerra di un anno".