Teppei Takamiya è il guardiano di una fattoria nell'isola Kamui, nel nord del Giappone. Suo fratello maggiore, Kotaro Takamiya, parte per studiare robotica in Germania e diventa uno dei più brillanti scienziati al mondo. Cinque anni dopo, i due fratelli si riuniscono durante un incontro di robotica a Mechatopia, in Cina, durante il quale Kotaro annuncia il suo interesse per l'intelligenza artificiale. L'incontro però si interrompe drammaticamente quando Kotaro, dopo che tutti i presenti sono stati uccisi, viene catturato da dei sicari dell'Impero Meccanico (Impero delle Macchine nell'adattamento televisivo dell'anime), il Maggiore Aramis e il tenente Metal Face e condotto all'Area, la base segreta dell'Impero nascosta nel deserto del Gobi da una tempesta perenne di sabbia che ricopre tutta la zona. Teppei riesce a seguire il rapitore e raggiunta l'Area viene attaccato da Metal Face. Teppei viene ferito ed incapace di vincere è poi gettato sopra un mucchio di relitti di B't, robot senzienti costruiti dall'impero funzionante tramite il sangue umano di un donatore. Il sangue di Teppei raggiunge e risveglia X, il B't un tempo appartenente a Karen, un'ex guerriera dell'Impero che Teppei salvò da Metal Face quand'era bambino cinque anni prima nascondendola ed a cui la ragazza donò il suo sangue dopo che il bambino venne gravente ferito dal tenente. In seguito Karen addestrò Teppei, ben sapendo che Kotaro era nella lista dei futuri scienziati che l'Impero avrebbe rapito. Nel frattempo, dentro l'Area, Kotarou scopre che è stato convocato da Aramis per aiutarli a trovare un modo per fermare il B't definitivo (una creazione conosciuta come Raffaello) che ha cominciato un'evoluzione terrificante e incontrollabile. Karen, ex Tenente Spirituale (Guardiano Spirituale nell'anime) dell'Impero (uno dei quattro guerrieri più forti messi a protezione dei quattro punti cardinali), fuggì infatti dopo aver scoperto che la crescita incontrollata di Raffaello avrebbe d