Cinque anni dopo la conclusione della prima serie televisiva fu prodotta una serie televisiva a cartoni animati intitolata di nuovo Star Trek. Le vicende narrate non influenzano il complesso universo Trek e non sono ritenute vincolanti per gli autori delle serie successive. Appaiono tuttavia degni di nota l'utilizzo del ponte ologrammi anni prima della sua apparizione nella serie Star Trek: The Next Generation, e le sceneggiature, opera di autori di tutto rilievo (alcuni dei quali, come D. C. Fontana, autori anche della serie originale). In quel periodo era in atto un lungo sciopero del sindacato degli scrittori che impediva loro di lavorare per serie con attori in carne ed ossa ma non per i cartoni animati; questo spiega perché alla serie abbiano lavorato autori che normalmente non lo avrebbero fatto.