In un futuro non molto lontano il mondo è dominato dalla tecnologia cibernetica. La vasta rete che collega tutto il mondo rappresenta da una parte il territorio vergine da esplorare da parte dei nuovi pionieri e dall'altra il terreno di coltura Idi una nuova generazione di criminali. Gli uomini sono diventati un misto di macchina e di essere umano. In questo mondo ciò che differenzia l'uomo dalla macchina è ciò che viene definito ghost (spirito), l'essenza principale dell'animo umano che riempie con lo spirito vitale lo Shell (guscio). La differenza di per sé è già abbastanza labile e il problema aumenta enormemente allorché una IA riesce a creare un proprio spirito, colmando le distanze che la separano dall'uomo. Il personaggio principale è una donna, Motoko Kusanagi, agente speciale della Sezione 9 che è una unità anti terrorismo cibernetico dipendente direttamente dal governo. Il Maggiore Motoko Kusanagi che, come tutti, presenta forti innesti meccanici nel suo corpo, sta attraversando un periodo di crisi di identità in quanto si sta chiedendo quanto di umano e quanto di macchina ci sia in lei. I suoi dubbi e i suoi dilemmi trovano un punto di focalizzazione allorché la sezione si imbatte in una coscienza cibernetica auto generatasi all'interno delle IA della rete a seguito di un programma virus del governo americano. Questa coscienza, che viene definita Puppet Master (Il signore dei pupazzi), tenta di mettersi in contatto con il Maggiore Motoko per fondersi con lei e dare vita ad una nuova stirpe di esseri adatti al nuovo mondo tecnologicizzato.