Anno 2089. Sono passati ottanta anni dagli eventi raccontati dalla prima serie e le vite degli umani e degli zentradi sono profondamente cambiate. Entrambe le razze vivono pacificamente sulla Terra, quando si presenta all'orizzonte una nuovo minaccia proveniente dall'esterno del sistema solare: gli alieni "Marduk". Mentre infuriano le prime battaglie fra le flotte terrestri e le astronavi marduk, il giovane reporter Hibiki Kanzaki, conosce Ishtar, una giovane "emulator", cioè una creature umanoide in grado di potenziare con il proprio canto i soldati murdok. Affascinato dalla giovane aliena, Hibiki porta Ishtar sulla Terra per farle capire il valore della vita e della cultura. Insieme con l'abilissima pilota Silvie Gena, Hibiki e Ishtar devono trovare il modo per salvare la Terra dalla distruzione totale dai crudeli Marduk.