Situato nel Giappone dei Tokugawa, Samurai Deeper Kyo segue la storia di Demon Eyes Kyo, "Kyo dagli occhi di demone", il quale vuole riconquistare il suo corpo dopo che la sua anima fu sigillata all'interno del corpo del suo nemico, Mibu Kyoshiro. Durante la sua ricerca, Kyo incontra Shiina Yuya, l'erede dello shogunato Benitora di Tokugawa, e Sanada Yukimura, un rivale conosciuto del Tokugawa. La trama inizia seguendo Yuya Shiina, una cacciattrice di taglie alla ricerca dell'assassino di suo fratello Nozomu, che incontra un venditore ambulante di medicinali di nome Kyoshiro Mibu. Nel corso della storia i personaggi di Kyoshiro Mibu ed, in misura minore, di Yuya Shiina recedono dalla storia, mentre Kyo dagli Occhi di Demone viene in primo piano. L'unico desiderio dichiarato di Kyo è quello di ritrovare il proprio corpo. Questa strada porta Kyo, Yuya e una serie di altri compagni, a scontrarsi dapprima con lo shogunato Tokugawa e successivamente con la tribù dei Mibu, una razza di superumani violenti che hanno manovrato il Giappone nell'ombra per millenni.