La storia di Sei in arresto! ruota intorno alle avventure di Natsumi Tsujimoto e Miyuki Kobayakawa, due agenti del dipartimento di polizia metropolitana di Tokyo, in servizio all'immaginario distretto di polizia di Bokuto a Sumida. La serie è largamente strutturata ad episodi, molti dei quali sono concentrati sull'interazione fra le due protagoniste ed un largo set di personaggi di contorno. Tema ricorrente della serie è l'amicizia fra Miyuki e Natsumi, che tentano di conciliare la propria vita privata con il loro lavoro di poliziotte. La maggior parte degli episodi sono ambientati nell'area di Tokyo, anche se la stazione di Bokuto non esiste affatto. A Sumida, in realtà esiste al suo posto l'ospedale Bokuto.