未来の地球、それは400年前の洪水により陸地は殆ど水没した世界であり、残された人類は人工的に造られた海上都市で暮らしていた。12歳の少女エルフィは1歳上の兄アルカスと兄妹として育てられていたが、ある日、自分が水棲人である事に気づく。人間と水棲人が対立する中、エルフィは人間と水棲人の戦いを止めさせようと立ち上がる。