2008年に勃発した世界戦争により、地球が変貌を遂げてしまった20年後の世界。野生児コナンとおじいの暮らす孤島・のこされ島に、ある日不思議な少女ラナが流れ着いた。二人に助けられたラナはコナンと仲良くなるが、旧時代の文明を誇示して世界の派遣を狙う「インダストリア」の工作員・モンスリーたちによって連れ去られてしまう。そのときの争いでおじいをなくしたコナンは、ラナを追ってのこされ島を後にする。ラナは太陽エネルギーの秘密を握るラオ博士の孫であり、太陽エネルギーを支配しようとする「インダスリア」の行政局長レプカに追われていたのだった。ラナを救うために立ち上がったコナンの冒険の旅が始まった。