フリント・ロックウッドは、自分の最新作が誤って市街地を破壊し、さらに上空に飛び上がったことで、発明家としてのキャリアが終わったのではないかと心配した。しかし、信じられないことが起こる： おいしいチーズバーガーの雨が降ってきたのだ！しかし、人々はこのおいしいお菓子に飽き足らず、機械が暴走し、巨大なミートボール入りのスパゲッティ竜巻を地上にまき散らしてしまう。お天気レポーターのサム・スパークスとアシスタントのおしゃべり猿スティーブの助けを借りて、フリントは世界がメガサイズのミートボールに埋もれる前に、暴走するマシンのスイッチを切る方法を見つけなければならない。