年は21XXです。 カイン博士がライト博士の古い研究室を再発見し、ライト博士のオリジナルである「ロックマンX」からいくつかのデザインを基にした後、レプロイドは今では当たり前になっています。 一方、Xはマーベリックハンターに加わり、シグマ将軍の指揮下でユニットリーダーのゼロと協力しています。 暴力的になった不正なレプロイドを終わらせるのが彼らの仕事です。