マゼラン帝国の銀河系侵攻に対して、銀河連盟は主星エンペリアスを中心に迎え撃つものの、劣勢に陥る。マゼラン帝国に対抗するために、完成した合体ロボ「ダイケンゴー」が出動することに。ダイケンゴーと共にマゼランに立ち向かう悲壮な覚悟をする第三王子ユーガー。しかし出発当日、無断でダイケンゴーに乗り込んだ第二王子ライガーは王の制止を振り切り、発進させてしまう。ライガーは同乗したクレオとアニケ・オトケと共にダイケンゴーと戦いの旅に出発する。