人口28万人が暮らす三門市に、ある日突然異世界への「門」が出現。門から襲い来る異世界の侵略者「近界民」の手により、たちまち戦火に巻き込まれてしまう。しかし、その時突如現れた界境防衛機関「ボーダー」が戦闘に介入、迅速に事態を鎮圧させた。 それから4年。ボーダーの訓練生である中学生・三雲修と、自ら「近界民」を名乗る転校生・空閑遊真との運命的な出会いをきっかけに物語は大きくうねり始める。