新西暦1999年のクリスマス、転送研究センターのスーパーコンピューター内に侵入した謎のコンピューターウイルスがメインプログラム「メサイア」に感染した。ウイルスの影響で意思を手に入れたメサイアは暴走、世界の支配を提唱し、瞬く間に転送研究センターのコンピュータを乗っ取っていく。センターの研究員たちは暴走の拡大を抑えるため、施設ごと亜空間に転送する道を選ぶ。施設が亜空間へ飛ばされた直後、跡地に3人の子供と3体の作業用ロボットが転送されてくる。彼らは事件のとき施設にいた者たちで、その身にはワクチンプログラムが宿っていた。 メサイアの暴走は収まったものの、それは一時的なものにしか過ぎず、時を経てまた現世に戻ってくるかもしれない事実を知った黒木タケシは子供たちを引き取った上でいずれ訪れるメサイアたちの襲来に備え、彼らを戦士に育て上げることとなる。 13年後の新西暦2012年。そこではエネトロンと呼ばれるクリーンエネルギーが人類にとって必要不可欠な存在となっている。その現世にメサイアが率いる組織・ヴァグラスが襲来。メサイアを現世に呼び戻すため、大量のエネトロンに狙いを定めた。ヴァグラスの襲来に対抗するのは、ブルーバスター＝岩崎リュウジ、イエローバスター＝宇佐見ヨーコの2人で結成される、エネルギー管理局特命部所属の特殊部隊・特命戦隊ゴーバスターズ。2人は13年前の事件で難を逃れたあの子供たちである。 エネトロンを巡ってヴァグラスに立ち向かうゴーバスターズ。やがて、2人の前に同じく13年前の事件で難を逃れた男・桜田ヒロムが現れた。彼は幼い頃の約束を果たすべく、レッドバスターとなる。ゴーバスターズの3人は、3人とともに転送されてきた3体のバディロイドや、特命部の面々とともにヴァグラスに立ち向かう。 戦いの中、13年前の事件で亜空間に飛ばされていたはずのエンジニア・陣マサト＝ビートバスターとバディロイドのビート・J・スタッグ＝スタッグバスターが現れる。2人の登場に驚きつつも、亜空間へ転送された人々が必ずしも命を落としていないという希望を感じたゴーバスターズの3人は新たに現れた陣たちと協力し、ヴァグラスとの戦いを続ける。