時は2022年、環境破壊の進む地球。未来への希望は炎や水など自然エネルギーを生み出す忍者に託された。そこで政府は忍者法を交付。全国民に忍術の修行が義務づけられ、世の中は忍者社会となった。だがそれらすべては闇の忍者軍団・虹蛇の陰謀であった…世界を掌握しようと暗躍する虹蛇に敢然と立ち上がったのは伝説の忍者、仮面ライダーシノビである！