21世紀の地球。北京での機械万国博で天才博士・高宮鋼太郎は、弟・高宮鉄兵と再会する。鉄兵は兄のボディガードとして万国博に来たという。しかし会議の最中に謎の組織『機械皇国』が現れ、鋼太郎を拉致する。兄を救い出すために機械皇国に乗り込んだ鉄兵。しかし機械皇国の戦士であるメタルフェイスに襲われ窮地に陥ってしまう。そのとき、鉄兵の流した血液に反応し、機械の戦士「B'T」―エックスが復活する。鋼太郎を取り戻すため、最強のB'Tである『ラファエロ』の誕生を阻止するため、鉄兵は相棒（バディ）となったエックスと共に機械皇国に戦いを挑む。