絶海の孤島コンゴ・ボンゴ島。ドンキーコングはジャングルで偶然クリスタル・ココナッツを発見した。クリスタル・ココナッツは強大な力を持ち、悪用すれば世界征服も可能だという。これに目をつけたキングクルール一味は島の乗っ取りのためにクリスタル・ココナッツを奪おうとする。一方、クランキーコングは自分の家にクリスタル・ココナッツを隠し、ドンキーたちとともに島の平和を守るために戦うことになった。