西暦20XX年。 世界は「コムネット」と呼ばれるコンピューター網で、完全に結ばれていた。そのコムネットは「グロッサー」という、巨大なホストコンピューターによって管理されていたのである。 ある日、グロッサーは人間たちをも管理して、世界を支配しようと思い始めた。ただ一人その野望に気が付いたのは、グロッサーの生みの親、犬養博士だけ。 博士はグロッサーの制御プログラム「コレクター」を開発したが、完成と同時にグロッサーに襲われてしまう。しかし博士は襲われる直前に、コレクターを八つのソフトに分解。無作為にコムネット上に送り出し、なんとかグロッサーの野望を阻止しようとした。 コンピューターが苦手な中学2年生・春日結（ユイ）は、ふとしたことからパソコンに吸い込まれ、そのソフトの一つ「IR（アイアール）」と出会う。 ユイは人類を守るためグロッサーを矯正するソフト「コレクター」を探す電脳世界の旅に出ることになった。