幕府転覆を企む老中コーン守は、幻ナリ斎率いるカラカラ一族と密かに手を組み、様々なロボットでエドロポリスを混乱に陥れようとする。コーン守は、街に度重なる混乱を引き起こし、町人の将軍に対する信頼を落とすことでその野望を達成しようとしていた。 そして、これに対抗するヤッ太郎、スカシー、プルルンの3人からなる秘密忍者隊ニャンキーもまた、かねてからコーン守の動きを察知していた大目付ワンコー守により密かに組織されたものであった。ニャンキーはピザ屋「ピザキャット」の店員として働きつつ、エドロポリスの正義と平和を守るべく、奮闘する日々を送る。