連邦軍とジオン軍の戦争が終盤にさしかかる頃、中立のスペースコロニー・サイド6で開発が進められていた新型ガンダムの情報をジオン軍がキャッチし、特殊部隊を送り込む。その一員であるバーニィは成り行きで民間人の少年・アルと情報を探ることになる。