ゲーム版『サクラ大戦』のストーリーを元に、アニメ独自の脚本や演出を加え再構成した作品。真宮寺さくらの帝国華撃団への加入から始まり、葵叉丹率いる黒之巣会との戦いまでを描いている。本作のストーリーの中心はさくらを中心とした帝国華撃団の結束であり、ゲームでの大きな要素でもある大神一郎とヒロインとの恋愛は描かれていないのが特徴。