소원이 이뤄지는 신비의 도시 드디어, 그 문이 열린다! 거대한 지하 도시로부터 시작된 전설 그 신비한 비밀을 밝히기 위한 모험의 시작! 어느 날, 소녀 ‘아스나’는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 그 음악을 다시 듣기 위해 자신만의 비밀 장소로 향하던 길에 ‘아스나’는 괴물의 습격을 받게 되고 ‘슌’이라는 소년이 나타나 그녀를 구해준다. 아가르타라는 먼 곳에서 왔다는 ‘슌’에게 두근거리는 감정을 갖게 된 ‘아스나’는 그를 다시 만나기 위해 약속 장소로 가지만 ‘슌’은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 ‘아스나’는 신임 교사 ‘모리사키’로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 ‘슌’과 관련이 있음을 직감한다. ‘슌’과 똑 닮은 소년 ‘신’과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격 전에 휘말리게 된 ‘아스나’는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되고 신임교사 ‘모리사키’가 아크엔젤의 요원임을 알고 놀라게 된다. ‘신’은 ‘아스나’를 뒤로 한 채 지하 세계로 자취를 감추고 ‘아스나’는 ‘모리사키’에게 아가르타로의 모험에 동참하겠다고 말하는데… 과연 그들은 무사히 아가르타에 도착할 수 있을 것인가? 그리고, 그들이 간절히 바라는 소원은 과연 무엇일까!