때는 1999년. 유령이니 정령이니 하는 괴이한 오컬트 현상들을 다루는 덕에 세간에 좋지않은 평판을 듣고 있는 '사립 발트슈타인 학원". 그런데 어느날 학장인 쿠마시로 준이치로가 급작스런 죽음을 맞이하자 그의 딸 마야는 학교로 돌아온다. 부친과는 달리 오컬트라면 질색인 마야는 학생이면서 동시에 학장 자리를 꿰찮정도로 매우 당당하고 씩씩한 소녀. 하지만 그녀의 앞에 정체불명의 사나이가 하늘에서 나타나 놀라게만드는데... 외계인에 의해 인류가 멸망의 위험에 놓인 2012년, 미래에서 이를 막기위해 과거로 내려왔다는 타임 에이전트 우치다 후미아야와 오컬트라면 딱 질색인 오컬트 연구 학원의 학장 마야. 과연 둘의 운명은?