25세기 미래. 신천지를 찾기위해 지구를 출발한 혹성간 이민선은 블랙홀을 빠져나오는 여행 끝에 행성 이즈모에 도달한다. 지구인들은 그곳에 정착해 원주민인 이즈모인들과 공중하여 평화로운 생활을 영위해나간다. 그로부터 12년 후, 야마타노 오로치의 부활을 목표로 삼는 츠쿠요미와 그 부하들이 평화로운 마을을 습격해온다. 지구인 이민자 야마토 부부의 아이 야마토 타케루는 우연히 마공전신 스사노오를 발견한다. 스사노오에 탑승한 타케루는 스사노오의 힘으로 츠쿠요미의 부하들을 쓰러뜨리지만, 스사노오가 폭주해 마을에 피해를 입한다. 그 결과 마을에서 추방당한 타케루는 츠쿠요미의 야망을 저지하기 위해 스사노오의 인도에 따라 동료들을 모으는 모험을 떠난다.