21세기 지구, 다양한 미스터리한 사건이 일어나며 돌연 몬스터들이 출현한다. 과학경비대 대원인 히카리 초이치로는 우주정거장 EGG 3에서 지구로 향하던 중 행성 U40에서 지구를 지키기 위해 날아온 울트라맨 조니어스를 만난다. 히카리는 그와 힘을 합쳐 지구에 나타나는 괴물들과 맞서게 되고, 울트라 마인드를 이용하여 우주정복을 꾀하는 헤라 군단과도 일전을 벌이게 된다.