우주로의 이민이 시작된 새로운 시대. 서력에서 우주세기(Universal Century: U.C.)로 넘어가는 세리머니가 열리고 있던 지구연방정부의 수상관저, 우주 스테이션 〈라플라스〉가 테러를 당해 폭파되어 산산히 부서져 떨어져 내리고 만다. 가난때문에 그 테러에 가담했던 청년 사이암은 〈라플라스〉의 폭발로 인한 잔해 속에서 어떤 물건을 발견한다. 그것은 훗날 『라플라스의 상자』로 불리게 될 금기의 상자였다. U.C. 0096. 『샤야의 반란』으로부터 3년, 일년 전쟁 후 계속된 세상은 겉으로는 평온을 되찾은 것처럼 보였다. 공업 스페이스 콜로니 〈인더스트리얼7〉에 사는 소년 버나지 링크스는 어느 날 자신을 오드리 번이라 소개하는 수수께끼의 소녀와 만난다. 그녀는 비스트 재단과 네오지온 잔당군 『소데츠키』가 일으킨 『라플라스의 상자』 거래를 막기 위해, 홀로 행동에 나섰다. 그녀와 협력하는 버나지. 하지만 거래를 방해하기 위해 침입한 지구방위군과 『소데츠키』와의 전투 때문에 콜로니는 전장으로 변한다. 오드리를 찾아 전장을 뛰어다니는 버나지는 『라플라스 상자』의 열쇠가 되는 순백의 모빌 슈트, 유니콘 건담과 운명적인 만남을 가진다. 『라플라스의 상자』는 무엇인가-. 『상자』가 품은 비밀은 무엇인가-. 지금, 우주세기 백년의 저주가 다시 해방되려 한다....