전작 마크로스의 시대로부터 80년이 흐른 시대. 인류는 최초의 접촉 이래 계속 젠트라디와 싸워 자신들의 문화를 지켜왔다. 그러나, 슬슬 통합군도 부패하기 시작하고, 매너리즘에 빠져 자신들의 군대가 최강이라는 식의 김 빠진 선전만 해댄다. SNN의 보도기자인 히비키는 통합군 고위층인 엑세글렌과 통합군 인기 넘버 1의 여성 파일럿 실비지나가 호텔에서 밀회를 나누고 빠져나오는 장면을 스캔들 특종으로 취재하지만, 군의 압력으로 되려 편집장에게 호통만 듣는다. 반항적인 기질로 똘똘 뭉친 히비키는 군은 항상 권력을 방패삼는다며 분개하고... 그러나 사실 실비는 통합군 내에 문제가 커져가는 것을 상관인 엑세글렌에게 비밀리에 보고하려던 것이었다. 이런 시기에 다시금 외계로부터 새로운 적이 나타난다. 첫 번째 접촉에서는, 통합군의 '민메이 어택'이 잘 먹혀들어 성공한 듯 보였다. 그러나, 뜻밖에도 새로이 조우한 적에게는 그들만의 '노래'가 있었다. 그들은 단순한 젠트라디 잔당이 아니었던 것이다. 지난번 스캔들 건으로 근신 명령을 받았던 히비키에게 베테랑 보도기자인 데니스와 함께 전선 취재를 나가라는 명령을 하는 편집장. 히비키와 데니스는 SNN의 민간용 발키리를 타고 전선으로 간다. 그곳에서 그들이 본 것은 전혀 적에게 대응하지 못하고 계속 패배를 거듭하고 있는 통합군의 모습. 한편, 공격받아 항해불능이 된 적함의 내부를 촬영하러 돌입한 그들은 세뇌를 받고 있는 젠트란들을 발견한다. 누군가 다른 존재가 젠트란들을 세뇌해서 전쟁도구로 조종하고 있는 것이다. 한편 정신을 잃은 한 소녀를 발견하게 되는데, 특이하게도 '마이크론 사이즈'의 인간이 거인들의 배