20XX년의 지구, 케냐. 발굴작업을 진행중이던 Mr. 마스터가 유적에서 은색 판을 발견해낸다. 그러자 호수에서 건물이 나타나고, 금색 판의 물체가 실체화되어 나타난다. 그로부터 약 4000년 후. 우주공간을 표류하는 금색 판을 순양함 워크린데가 회수한다. 워크린데의 내부에서는 벡터국에 의해 안드로이드 KOS-MOS의 실전 전투훈련이 진행되고 있었다. 무모한 실험의 결과로 붕괴되는 가상공간 엔세펠론 내부에 있던 시온은 네빌림과 만나게 되지만 알렌에 의해 현실로 돌아오게 된다.