서력 2040년의 혹성 '에덴'. 전천후 변형 전투기인 '발키리' 중 넘버 'VF-10'이 보편화 된 기종인 지금 에덴의 공군기지에서는 신예기를 개발, 테스트 하고 있었다. 한편 '우주의 문제아'라고까지 불리는 주인공 '이사무'는 이곳에 테스트 파일럿으로 발령을 받게된다. 최첨단 기종인 'YF-19'를 몰게 된다는 흥분에 기뻐하는 이사무. 그러나 라이벌이자 또 다른 테스트 기종인 'YF-21'의 파일럿이 한 때 친구였지만 지금은 원수지간이 된 '가르도' 라는 것을 알게 된다. 게다가 과거 연인 사이였던 뮨과 재회하는 일도 겪는다. 뮨은 좋아하던 노래를 접고, 대신 인기 최고의 버츄얼 아이돌 가수이자 마크로스 콘체른이 개발한 최첨단 인공지능 시스템 샤론 애플의 프로듀서로 활약중이었다. 다시 만난 3사람 사이의 감정은 불편하기만 한데... 1982년에 나온 원조 마크로스 TV판 이래 제작된 일련의 후속 마크로스 시리즈중 가장 높은 평가를 받고 있는 작품이다. 사실 마크로스라는 이름이 무색할 정도로 작품 중에 마크로스가 나오는 장면이 거의 없는데다가 그나마도 용도 폐기된채 반쯤 물에 잠겨 고정되어 있는 모습으로 나온다던가, 샤론 애플의 종전 30주년 기념 공연을 위해 배경 무대로 쓰인다던가, 심지어 샤론 애플의 조종으로 인해 테스트 파일럿 하나를 죽이기 위해 전함의 포를 난사하는 모습으로 나와서 원조 팬들에게 놀라움을 주기도 하였다. 그러나 워낙 뛰어난 작화와 화려한 전투신, 아름다울 정도로 정교하게 묘사된 마크로스 미사일포 난사 장면, 치밀한 가르도, 뮨, 이사무간의 삼각관계 설정등은 큰 호응을 이끌어내기에 충분한 것이었다. OVA를 편집하고 새로운 장면을 첨가한 극장판으로도 제작