Ash Ketchum, młody trener pokemonów, wraz z przyjaciółmi - Misty i Troyem, zjawia się na wyspie Shamouti, by wziąć udział w festiwalu odbywającym się co roku. Tymczasem, podstępny i zły Kolekcjoner pokemonów, ma zamiar schwytać trzy legendarne pokemony-ptaki - ognistego Moltresa, lodowego Articuno i elektrycznego Zapdosa. Kolekcjoner wierzy, że gdy schwyta je, naruszy równowagę świata i w ten sposób złapie legendarnego Lugię, za którego pomocą będzie mógł zapanować nad światem. Niestety - Moltres, Articuno i Zapdos wymykają się spod kontroli i toczą wielką bitwę. Lugia nie jest sam w stanie zakończyć walki pokemonów-ptaków. Ash, wraz ze swoim stworkiem Pikachu, postanawiają pomóc.