Tajemnicze latające stworzenia zwane Xi niespodziewanie pojawiły się na świecie. W celu walki z tymi stworami, ludzie stworzyli samoloty myśliwskie zwane „Córkami” oraz automatyczny walczący mechanizm „Anima”, który ma kształt ludzkich dziewczyn. Historia skupia się na dwójce ludzi: młodym mężczyźnie o imieniu Kei Narutani, który tęskni za lataniem oraz dziewczynie o imieniu Gripen, która uważa, że Anima to atut ludzkości.