A aventura começa com o aparecimento de Mewtwo, um Pokémon bio-genético criado a partir do DNA de Mew, o mais raro e poderoso Pokémon. Determinado em provar a sua superioridade, Mewtwo desafia Ash, Pikachu e todos os outros para um combate nunca antes visto. Mewtwo contra Mew. Super-Clones contra Pokémon. Este é o derradeiro combate... onde o futuro da humanidade está em jogo!