Makoto Konno está no último ano do ensino médio, mas está tendo dificuldades para decidir o que fazer com seu futuro. Entre suportar a pressão de seus professores e matar o tempo com seus melhores amigos, a vida de Makoto muda repentinamente quando ela descobre acidentalmente que é capaz de literalmente saltar no tempo. Toki wo Kakeru Shoujo segue Makoto enquanto ela brinca com seu novo poder. No entanto, ela logo aprende da maneira mais difícil que toda escolha tem uma consequência, e o tempo é muito mais complicado do que pode parecer.