Em Alcatraz, acompanharemos o mistério de desaparecimento de mais de 300 homens da prisão mais segura do país, que abrigava os maiores criminosos de décadas atrás. Agora, eles estão reaparecendo no tempo presente, sem ter envelhecido um dia e o primeiro a voltar está matando todos em seu caminho. Uma detetive, Rebecca Madsen, cujos membros da família estão ligados à prisão de Alcatraz, começa a investigar o caso com a ajuda de um expert na história da instituição corretiva, Diego Soto. Os dois são assistidos por um misterioso agente do governo, Emerson Hauser. No entanto, Hauser está guardando muito mais segredos do que ousa contar, inclusive o fato de estar esperando o retorno dos prisioneiros há anos. Já Soto fica maravilhado ao ver as pesquisas de sua vida virar realidade, enquanto Madsen precisa lidar com os segredos do passado de sua família e proteger o país dos seus criminosos mais perigosos, que estão de volta.